Pada 20 September 2011, Burhannuddin maut dalam serangan berani mati di rumahnya di Kabul. Ketika itu beliau sedang berunding dengan delegasi Taliban - membawa surat penting daripada Taliban.Dia menunggu beberapa hari di Kabul semata-mata mahu berjumpa dengan Prof Burhannuddin sahaja. Sebelum itu Burhannuddin baru pulang dari Iran . Burhanuddin berasal puak Tajik di wilayah Badakhshan utara Afghanistan dan selalu bertentang dengan puak Pashtun - etnik terbesar di Afghanistan.[2]

Dua anggota Taliban mendekati beliau dan berjabat tangan serta menundukkan kepala dan serban itu meletup. Salah seorang dari mereka menyorokkan bahan letupan di dalam serbannya, jelas Hasmat Stanikzai , pegawai polis Kabul.[3] Timbalan dan Menteriya iaitu Masoom Stanekzai dan tiga yang lain cedera. Wakil Taliban itu sangat dipercayai.

Beberapa pihak menyalahkan rangkaian Haqqani beribu pelabat di Pakistan. Amerika menyalahkan Haqqanis berikutan serangan di Kedutaan Amerika Syarikat di Kabul pada bulan ini.

Jenazah dikebumikan di Kabul di puncak bukit Wazir Akbar Khan , dihadiri ribuan penyokongnya.Jamiat Islami Afghanistan setuju jenazah dikebumikan di sana.